Fue en esta emergencia que el gobierno federal designó a Oswaldo Cruz, recién llegado de una larga pasantía en París, principalmente en el Instituto Pasteur, para, junto con Adolpho Lutz y Vital Brasil, designados por el gobierno de São Paulo, verificar la verdadera etiología. de la epidemia de Santos. Confirmado oficialmente que "la enfermedad predominante en Santos es la peste bubónica", las autoridades sanitarias decidieron establecer laboratorios para la producción de vacunas y sueros contra la peste: el Instituto Butantan, en São Paulo, y el Instituto Soroterápico Municipal, en Río de Janeiro. .

El Instituto Soroterápico nació de una sugerencia del barón Pedro Affonso - cirujano de reconocida competencia, fundador del Instituto Vacânico, primer laboratorio productor de vacuna antivariólica en el país - al alcalde del Distrito Federal, Cesário Alvim, quien le dio la Fazenda de Manguinhos, convenientemente ubicada lejos del centro urbano. El barón pretendía contratar a un especialista del Instituto Pasteur para la dirección técnica, pero por recomendación de Émile Roux, ofreció el puesto a Oswaldo Cruz.

Con la lista de material a adquirir, organizada por el nuevo director técnico, el Barão partió hacia Europa. En París logró contratar únicamente al veterinario Henri Carré, colaborador de Yersin en la producción de la primera vacuna contra la peste; El gobierno brasileño sólo le autorizó a ofrecer contratos poco atractivos e inoperantes por un período máximo de seis meses.

Una vez instalados los laboratorios, las obras comenzaron, sin ceremonia alguna, el 25 de mayo de 1900, bajo el peso de una enorme tarea que debían cumplir, además de los directores administrativos y técnicos, tres profesionales: el Coronel-Doctor Ismael da Rocha, bacteriólogo del Servicio de Salud del Ejército; el doctor Henrique de Figueiredo Vasconcellos, asistente del Instituto de Vacunas; y el veterinario H. Carré- y el estudiante de medicina, Ezequiel Caetano Dias. Pero el Ayuntamiento pronto se vio incapaz de seguir manteniendo la nueva institución, que fue transferida a la Dirección de Salud Pública del Ministerio de Justicia y Asuntos Interiores, e inaugurada oficialmente el 23 de julio como Instituto Federal de Sueroterapia.

Poco después, al equipo inicial le faltaban dos miembros: Ismael da Rocha, llamado de nuevo al laboratorio del Ejército, y Carré, que regresó a Francia con problemas de salud, según algunos, o miedo a la fiebre amarilla, según otros. Pero la competencia de los demás ya estaba comprobada y sólo se consideró necesario contratar al estudiante de medicina, Antônio Cardoso Fontes, y algunos asistentes.

Ninguno de los cinco restantes tuvo la más mínima experiencia con una vacuna o suero contra la peste. Sólo Oswaldo Cruz había visitado la sección de sueros del Instituto Pasteur, pero su interés estaba en la preparación de antitoxina diftérica. Tanto en relación con la vacuna como con el suero, los datos disponibles en la escasa literatura carecían de detalles precisos que permitieran su preparación fuera de los laboratorios productores.