Producir ciencia y promover la salud en beneficio de la sociedad y del fortalecimiento del Sistema Único de Salud (SUS), realizando investigación, docencia, desarrollo tecnológico, innovación, servicios de referencia y acervos biológicos.
Ser un instituto público de excelencia, estratégico para el Estado y para el SUS, reconocido nacional e internacionalmente por la generación y difusión de conocimiento y por sus acciones, productos y servicios en salud pública.
1. Ciencia e innovación en salud como base del desarrollo socioeconómico ambientalmente sostenible.
2. Compromiso con la democracia
3. Compromiso con el carácter público y estratégico del Estado de Fiocruzi
4. Compromiso socioambiental
5. Cooperación e Integración
6. Creatividad y diversidad científica
7. Democratización y compartición del conocimiento con la sociedad
8. La educación como proceso emancipador
9. Ética, integridad y transparencia
10. La excelencia científica y la innovación como pilares de la acción institucional, reconociendo la investigación básica como fundamental en la cadena del conocimiento.
11. Respeto y valoración del servicio público
12. Movilización permanente para reducir las desigualdades en las condiciones de vida y salud
13. Respeto y valoración de las personas en su diversidad y compromiso con la inclusión y la lucha contra todas las formas de discriminación y violencia.
14. Valorar a los trabajadores y estudiantes y comprometerse con la equidad
15. Compromiso con la plena accesibilidad, seguridad, salud y bienestar
16. Preservación y restauración del patrimonio y la memoria