GENOMAS DE MICOBACTÉRIAS DO BRASIL
GEMIBRA v.1.0
(Última atualização em 06/DEZ/2020)
Sobre este site
Este site compartilha dados públicos de sequenciamento genômico de Micobactérias provenientes do Brasil para aplicações em Epidemiologia e Filogenética.
Sobre nós
O nosso grupo é composto por pesquisadores em saúde pública, professores, graduandos e pós-graduandos, atuando na Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ), em parceria com outras instituições de pesquisa e/ou ensino.
Sobre as Micobactérias
Classicamente o gênero Mycobacterium é dividido em três grupos: complexo Mycobacterium tuberculosis (CMTB), que reúne micobactérias causadores de tuberculose; Micobactérias Não Causadoras de Tuberculose (MNT), responsáveis distintas micobacterioses e Mycobacterium leprae (and M. lepromatosis), causadora da hanseníase. Recentemente, o gênero Mycobacterium foi reclassificado e divido em cinco gêneros: Mycobacterium; Mycolicibacter; Mycolicibacillus; Mycolicibacterium; Mycobacteroides (Gupta et al., 2018). Além disto, o CMTB foi considerado apenas uma única espécie M. tuberculosis com subdivisões (variantes): M. tuberculosis var. tuberculosis, M. tuberculosis var. africanum, M. tuberculosis var. canettii, M. tuberculosis var. bovis, M. tuberculosis var. caprae, M. tuberculosis var. microtii, M. tuberculosis var. pinnipedii, M. tuberculosis var. mungi, e M. tuberculosis var. orygis (Riojas et al., 2018). Apesar destas atualizações, ainda consideramos o grupo único das Micobactérias e as variantes de M. tuberculosis como membros CMTB, adotando uma premissa taxonômica também utilizada por Tortoli et al. (2019).
Dados Genômicos
· CMTB
o Lista 1: 635 genomas pertencentes ao CMTB provenientes do Brasil – públicos.
o Lista 2: 365 genomas pertencentes ao CMTB provenientes do Brasil – não públicos (em fase de análise).
· MNT
o Em construção
· M. leprae
o Em construção
BRAZILIAN MYCOBACTERIAL GENOME
GEMIBRA v.1.0
(Last updated on 06/DEC/2020)
About this site
This site compiles a database of public Mycobacterial genomes referenced by publication or deposits at NCBI and ENA that were generated from patients from Brazil. The main objective is to facilitate the sharing of these data by creating a centralized and standardized database, and, later, to carry out periodic (annual) analyzes regarding cluster profiles, prediction of drug resistance and phylogenetic analyzes.
About Us
Our group is composed of researchers in public health, professors and undergraduate and graduate students of the Oswaldo Cruz Foundation (FIOCRUZ) in partnership with other institutions, which shares the common goal of facilitating the association of public data on genomic sequencing of Mycobacteria from Brazil for epidemiological and phylogenetic applications.
About Mycobacteria
Classically, the genus Mycobacterium is divided in three groups: the Mycobacterium tuberculosis complex (MTBC), which causes tuberculosis; Non-Tuberculosis-Causing Mycobacteria (NTM) that cause other mycobacteriosis and Mycobacterium leprae (and M. lepromatosis), which causes leprosy. Recently Mycobacterium was reclassified and divided into five genera (1- the genus Mycobacterium; 2- the genus Mycolicibacter; 3- the genus Mycolicibacillus; 4- the genus Mycolicibacterium and 5- the genus Mycobacteroides) (Gupta et al., 2018). Also, the MTBC was considered as a single specie called Mycobacterium tuberculosis with subdivisions (variants): M. tuberculosis var. tuberculosis, M. tuberculosis var. africanum, M. tuberculosis var. canettii, M. tuberculosis var. bovis, M. tuberculosis var. caprae, M. tuberculosis var. microtii, M. tuberculosis var. pinnipedii, M. tuberculosis var. mungi, and M. tuberculosis var. orygis (Riojas et al., 2018). Despite these updates, the general idea is to maintain Mycobacteria as a unique group of and variants of M. tuberculosis as MTBC as members due to the taxonomic premise also used by Tortoli et al. (2019).
Genomic Database
• MTBC
o List 1: 635 genomes belonging to the CMTB from Brazil - public.
o List 2: 365 genomes belonging to the CMTB from Brazil - non-public (under analysis).
• MNT
o Under construction
• M. leprae
o Under construction