Foi nessa emergência que o governo federal designou Oswaldo Cruz, recém-chegado de longo estágio em Paris, principalmente no Instituto Pasteur, para juntamente com Adolpho Lutz e Vital Brazil, designados pelo governo de São Paulo, verificar a real etiologia da epidemia de Santos. Confirmado oficialmente que "a moléstia reinante em Santos é a peste bubônica", decidiram as autoridades sanitárias instituir laboratórios para produção de vacina e soro contra a peste: Instituto Butantan, em São Paulo, e no Instituto Soroterápico Municipal no Rio de Janeiro.

O Instituto Soroterápico resultou de sugestão do Barão de Pedro Affonso - cirurgião de reconhecida competência, fundador do Instituto Vacínico, primeiro laboratório produtor de vacina antivariólica no país - ao Prefeito do Distrito Federal, Cesário Alvim, que cedeu para instalação do novo serviço a Fazenda de Manguinhos, convenientemente situada longe do centro urbano. Tencionava o Barão contratar um especialista do Instituto Pasteur para a direção técnica, mas por indicação de Émile Roux ofereceu o cargo a Oswaldo Cruz.

De posse da lista de material a ser adquirido, organizada pelo novo diretor técnico, partiu o Barão para a Europa. Em Paris conseguiu contratar apenas o veterinário Henri Carré, colaborador de Yersin na produção da primeira vacina anti-pestosa; é que, o governo brasileiro só o autorizara a oferecer contratos pouco atraentes além de inoperantes, pelo prazo máximo de seis meses.

Instalados os laboratórios, iniciaram-se os trabalhos, sem qualquer cerimonial, em 25 de maio de 1900, sob o peso de ingente tarefa a ser cumprida, além dos diretores administrativo e técnico, por três profissionais - o Coronel-Médico Ismael da Rocha, bacteriologista do Serviço de Saúde do Exército; o médico Henrique de Figueiredo Vasconcellos, assistente do Instituto Vacínico; e o veterinário H. Carré - e um estudante de medicina, Ezequiel Caetano Dias. Mas logo se viu a Prefeitura impossibilitada de continuar mantendo a nova instituição, que foi transferida para a Diretoria de Saúde Pública do Ministério da Justiça e Negócios Interiores, e inaugurada oficialmente em 23 de julho como Instituto Soroterápico Federal.

Pouco depois, a equipe inicial era desfalcada de dois componentes: Ismael da Rocha, chamado de volta para o laboratório do Exército, e Carré, que regressava à França com problemas de saúde, segundo uns, ou com receio da febre amarela, segundo outros. Mas a competência do restante já estava comprovada, sendo julgada necessária apenas a contratação de um estudante de medicina, Antônio Cardoso Fontes, e de alguns auxiliares.

Nenhum dos cinco remanescentes tinha a mínima experiência em vacina ou soro contra a peste. Apenas Oswaldo Cruz havia visitado a seção de soros do Instituto Pasteur, mas seu interesse estava no preparo da antitoxina diftérica. Tanto em relação à vacina quanto ao soro, os dados disponíveis na escassa literatura careciam de detalhes precisos, que permitissem seu preparo fora dos laboratórios produtores.